Infatti di solito prendo solo alcune cartelle nascoste nella home, tipo le configurazioni di gimp o di firefox, geany etc.., e lascio ricreare in automatico il resto (tipo le configurazioni del DE), rimettendo a posto il desktop e lo screensaver manualmente. poi per i dati c'è sempre un backup preventivo.
In alternativa puoi sempre lasciare il kernel basato su ubuntu e installare solo il DE.
Basterà renderlo il predefinito o, dopo averne testato il funzionamento disinstallare il vecchio per non avere troppi problemi.